El procesamiento de las muestras se realiza en salas blancas, en cumplimiento de los estándares de calidad GMP (Good Manufacturing Practices, Buenas Prácticas de Manufactura) por separación celular por reducción de volumen, para aislar las células madre de otros componentes de la sangre antes de proceder a la crioconservación. Este sistema es el más eficaz en la preservación de las células madre porque implica un menor uso de DMSO (dimetilsulfóxido), crioprotector que puede romper la membrana exterior de los glóbulos rojos y liberar su contenido, que a largo plazo es tóxico para las células madre. Otra importante ventaja de esta técnica es que, en caso de que la muestra de células madre tuviera que ser utilizada, el equipo médico conocería sus datos de calidad antes de prescribir el tratamiento. Por último, al eliminar la serie celular roja de la muestra se elimina también el tipo sanguíneo del donante (grupo y factor Rh); esto es importante porque un trasplante alogénico de células madre sería inviable si donante y paciente presentaran tipos sanguíneos incompatibles.